מיקרוביוטה, מיקרוביום או הפלורה החיידקית הם החיידקים המאכלסים את גופנו באופן טבעי ובאופן רגיל אינם גורמים כל נזק. החיידקים מצויים בכל חלקי הגוף- מערכת הנשימה, העיכול, השתן, העור ואיברי הרבייה- כל זאת גם מבלי שנרגיש בכך או נהיה מודעים לכך. המיקרוביוטה מתחילה להיווצר עם הלידה ועוברת שינויים לאורך שנות חיינו.
בגוף האדם ישנם 10 חיידקים על כל תא אדם – 1014 תאי חיידקים לעומת 1013 תאים אנושיים.
מעריכים כי ישנם יותר מ-5500 מיני חיידקים שחיים בגוף האדם, ומתוכם רק כ-40 בעלי פוטנציאל להיות מחוללי מחלה. ההרכב של המיקרוביום משתנה בהתאם למין, גיל, מצב גופני ונפשי, תזונה, זמן ועוד גורמים רבים.
במהלך חייו של תינוק ברחם אמו הוא סטרילי וחף מחיידקים, אך עם לידתו ותחילת המפגש עם העולם החיצון הוא מתחיל לבנות את אוכלוסיית החיידקים שלו- תינוקות שנולדים בלידה רגילה מאמצים חיידקים מתעלת הלידה ותינוקות שנולדים בלידה קיסרית מאמצים חיידקים מהעור של אימם.
בהמשך חייו ממשיך התינוק לפגוש בחיידקים בתוך חלב האם, בסביבה שלו, במגע ובמפגש עם אנשים ועוד.
הרכב המיקרוביוטה ופיזורו משתנה בין איברי הגוף השונים- הרכב החיידקים על פני העור שונה מהרכב החיידקים לאורך מערכת העיכול או במערות האף.
גם על פני העור עצמו ישנם אזורים שונים המאכלסים קבוצות חיידקים שונות, כתלות במידת הלחות של העור באותו אזור, מידת השומניות של העור ועוד. כך גם במערכת העיכול, הרכב המיקרוביום בפה זונה מאוד מהרכב המיקרוביום בקיבה או במעי הגס.
המיקרוביוטה חיוני להתפתחות התקינה של האדם ובמיוחד של מערכת החיסון – החיידקים מקיימים דיאלוג עם מערכת החיסון המולדת ולוקחים חלק בחינוך המערכת החיסונית ושמירה על איזון בין זיהוי והשמדה יעילה של גורמים זרים להימנעות מתקיפת מערכות הגוף של האדם עצמו. במצבים של פגיעה באיזון העדין בין מערכת החיסון המולדת למיקרוביוטה עלולים להתפתח מצבים כגון מחלות אוטואימוניות (מצבים בו מערכת החיסון תוקפת את גוף האדם עצמו), מצבים סרטניים ועוד.
המיקרוביוטה מייצר גם הגנה מפני חיידקים מזיקים שעלולים להיות מחוללי מחלה הן בשל יצירת תחרות ומניעה של התיישבות חיידקים נוספים באזור מחייתם והן בשל ייצור חומרים שמונעים התיישבות חיידקים על פני העור למשל.
המיקרוביום לוקח חלק גם בתהליך העיכול ומאפשר לעיתים פירוק של חומרי מזון שהאדם אינו יכול לפרק בעצמו ולנצל להפקת אנרגיה ומשתתף בייצור ויטמינים חיוניים כגון ויטמין K, ויטמין B12 ועוד.
במצבים של טיפול אנטיביוטי ממושך מופר האיזון בין המיקרוביום הטבעי של האדם לחיידקים מחוללי המחלות.
האנטיביוטיקה לא מבחינה בין חיידקים מזיקים למועילים ולכן טיפול אנטיביוטי על רקע מחלה פוגע גם בחיידקים מחוללי המחלה אך גם בחיידקים שמרכיבים את המיקרוביום.
לאחר טיפול באנטיביוטיקה ופגיעה באוכלוסיית החיידקים הטבעית של האדם נוצר "ריק" שאליו יכולים להיכנס חיידקים מזיקים או מחוללי מחלות אחרים כגון פטריות.
בוודאי שאין להסיק מכך כי יש לוותר על טיפול אנטיביוטי במקרה של מחלה, אך חשוב לקבל טיפול זה רק במקרה הצורך ובהמלצת רופא וכן חשוב להקפיד על משך הטיפול המומלץ ולא לחרוג ממנו.